La barriera emato-encefalica può essere attraversata da farmaci per diffusione passiva, questo è valido per farmaci lipofili a basso peso molecolare. Nel caso in cui esistano carrier specifici, la barriera può essere attraversata anche da farmaci che sono substrato dei carrier, questo vale sia per farmaci idrofili che per farmaci lipofili.
Oltre all'impermeabilità, un altro fattore che protegge l'encefalo dall'ingresso di sostanze potenzialmente dannose è la presenza della glicoproteina P, questa è un carrier di efflusso che troviamo anche nei reni e nell'intestino.
Oltre all'impermeabilità, un altro fattore che protegge l'encefalo dall'ingresso di sostanze potenzialmente dannose è la presenza della glicoproteina P, questa è un carrier di efflusso che troviamo anche nei reni e nell'intestino.
La glicoproteina ha il compito di catturare molecole per le quali è affine, che hanno superato la barriera e riportarle al di fuori dell'encefalo; ciò è valido se la barriera è intatta ovvero se non sono presenti patologie infiammatorie, tumori, crisi ipertensive, glicemia che possono portare a una variata permeabilità della BEE e quindi permettere l'ingresso di sostanze che normalmente non entrerebbero e anche di farmaci, questo può essere sfruttato come un vantaggio o può essere uno svantaggio a seconda del tipo di farmaco e della patologia.
Non tutto il SNC è protetto dalla barriera ematoencefalica, la zona chemiorecettrice bulbare non lo è, in questa zona è presente il centro del vomito, quando alcune sostanze arrivano in questa zona, possono attivare il centro del vomito. Fisiologicamente questo meccanismo è un meccanismo di difesa: le sostanze tossiche che attivano questo centro vengono eliminate con l'emesi.
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